Fréquence3 naît le 15 avril 2001 à l'initiative d'un petit groupe de passionnés, sur les bases d'une première webradio nommée Europe3. A cette époque, seulement 30 auditeurs peuvent écouter simultanément la radio. Quelques émissions composent la grille des programmes et les premiers événements couverts se déroulent sur Internet.

La radio se développe sur le plan technique avec l'apparition de nouveaux serveurs d'écoute, sort de ses studios pour couvrir des événements en extérieur (LANs), et accueille ses premiers invités. L'interactivité est renforcée avec la possibilité pour les auditeurs d'appeler en direct.

Au bout d'un an, l'association Fréquence3, basée en Belgique, est rapatriée en France. A la fin de l'année, les auditeurs qui souhaitent s'investir dans l'aventure peuvent y adhérer, ce qui permet à Fréquence3 de pouvoir couvrir des frais toujours plus importants.

Depuis, les invités à l'antenne sont devenus de plus en plus réguliers. Après ceux issus de la télé-réalité, ce sont les animateurs de radio et de télévision qui ont été reçus en nombre, puis de nombreux artistes sont également venus répondre aux questions des auditeurs. Les couvertures d'événements se sont diversifiées (festivals musicaux, LANs, événements Internet, ...).

Les développements du son et de la technique, le travail des animateurs, et les différents partenariats qui ont vu le jour, ont permis d'augmenter la qualité d'écoute, la quantité d'auditeurs et le renom de Fréquence3. L'association s'est développée et compte plus de 120 adhérents.

Aujourd'hui, Fréquence3 est la première webradio francophone et fait partie de celles qui sont à l'origine de la création de l'Association Nationale des Webradios. Fréquence3 accueille à présent très régulièrement plus de 4000 auditeurs simultanés. Mais l'aventure n'est pas finie et beaucoup de projets demandent encore à voir le jour.